2000年，华南师范大学南海校区（学院）成立，2001年开始招收专科学生。

2003年，南海校区计算机教研室成立，开始招收“计算机科学与技术（数据库）”专业本科学生（本科第二批）。

2004年，石牌校区计算机学院延伸办学，开始在南海校区招收“软件工程”、“网络工程”专业本科学生（本科第二批）。

2004年，南海校区计算机教研室改名为计算机工程系，继续招收“计算机科学与技术（数据库）”专业本科学生。

2005年10月，在华南师范大学党代会上，确定了华南师范大学“一校三区”的办学格局、南海校区（学院）作为华南师范大学“一校三区”的一部分。

2007年，南海校区计算机工程系开始增加招收“电子信息工程”本科专业。

从2008年开始，由石牌校区计算机学院、软件学院延伸到南海校区开办的“软件工程”、和“网络工程”二个专业停止招生。

2008年，南海校区计算机工程系开办的“计算机科学与技术（数据库）”、“电子信息工程”二个专业继续招生。原南海校区计算机工程系的学科专业与南海校区其他相关学科融合在一起，共同进入了广东省“211工程”第三期重点建设项目，成为进入“211工程”建设的重点学科。

2009年，南海校区“计算机工程系”更名为“信息工程与技术系”。

2010年，学校对南海校区办学进行调整，由南海校区信息工程与技术系开办的“计算机科学与技术（数据库）”专业归入计算机学院、软件学院，“电子信息工程”专业归入物理与电信工程学院。

2013年，石牌校区软件学院停止招生，“软件工程”专业迁入南海校区招生，以南海校区信息工程与技术系为基础，加上南海校区数学系的师资和办学资源，在南海校区成立新的软件学院，招收“软件工程”专业学生。

2019年，华南师范大学软件学院在南海校区招收专业型硕士研究生。

2021年6月，佛山校区成立人工智能学院，由计算机学院负责建设，人工智能学院是计算机学院延伸佛山校区办学的学院（学校成立工学部，工学部实行实体化运作，其中人工智能学院是工学部成员中4个学院和研究院之一，人工智能学院与计算机学院共享学科建设、科研教学平台和师资队伍等），人工智能专业停止在广州校区（石牌校园）招生，2021年开始在佛山校区（南海校园）招生，同时2021年人工智能学院开始招收博士生和专业型硕士生。

2024年7月，佛山校区的人工智能学院和软件学院整合重组为新的人工智能学院，与广州校区计算机学院、汕尾校区数据科学与工程学院等单位一起共建计算机学科，共建共享学科资源。

2025年，人工智能学院开始招收学术型硕士生（计算机科学与技术），形成了招收计算机类本科生、硕士生（学术型和专业型）和博士生的学院。